4月19日，财政部、国土资源部印发《新增建设用地土地有偿使用费资金使用管理办法》，对新增建设用地土地有偿使用费资金使用范围、预算管理、中央对地方新增费转移支付预算管理、监督检查等进行规范。该办法自印发之日起实施，《财政部、国土资源部关于印发〈中央分成新增建设用地新增费资金使用管理办法〉的通知》（财建〔2008〕157号）同时废止。
新出台的《办法》规定，新增费纳入政府性基金预算管理，专款专用，任何单位和个人不得截留、挤占或挪用。鼓励以土地整治项目为平台，统筹安排新增费、用于农业土地开发的土地出让收入、耕地开垦土地复垦费和其他涉农资金。
按照新出台的《办法》，新增费专项用于土地整治支出及其他相关支出。土地整治支出包括基本农田建设支出、土地整理支出、耕地开发支出。其他支出包括基本农田保护支出、土地整治管理支出和财政部商国土资源部确定的其他支出。新出台的《办法》还提出，新增费预算草案编制遵循以收定支、专款专用、收支平衡、结余结转下年使用的原则。