举例①：某县A乡镇集体下辖两个行政村甲和乙，其中甲村下辖三个村民小组，乙村下辖两个村民小组。乙村由于人少地多，集体经济比较发达，设有符合当地规定的乙村农民集体经济合作社，乙村1、2村民小组组织机构健全，而且分别设有符合当地规定的1村民小组经济合作分社和2村民小组农民集体经济合作分社，乙村及其两个小组各自土地权属界线清晰。甲村与乙村相比，集体经济比较落后，其中甲村1、2村民小组组织机构不健全，没有集体经济组织，集体土地权属界线不清;甲村3村民小组组织机构健全，但没有集体经济组织。A乡镇集体拥有部分集体土地，但没有对应的集体经济组织。现对A乡镇集体以及下辖村、村民小组集体土地所有权进行确权登记发证，如何办理?
要回答这个问题必须明确农村集体土地所有权确权登记发证的基本原则和标准。
开展农村集体土地所有权确权登记发证工作，应当坚持两个原则：一是各类集体土地物权平等保护，把农村集体土地所有权确认到每一个具有所有权的农民集体;二是有利于工作推进，完成《中共中央国务院关于加大统筹城乡发展力度进一步夯实农业农村发展基础的若干意见》(以下简称2010年中央1号文件)提出的力争到2012年底基本完成农村集体土地所有权确权登记发证的目标。这两个原则应当统筹考虑，综合把握，均不得突破。
对于第一个原则，根据《物权法》第四条的规定，国家、集体、私人的物权和其他权利人的物权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。集体土地所有权，无论是乡镇农民集体、村农民集体还是村民小组农民集体的，都应当受到法律的平等确认和保护，这是法定基本原则和要求，不得突破。而且农村集体土地所有权确权登记发证是对集体土地所有权的确认，而不是调整，这是土地确权登记应有之义。据此，按照《村民委员会组织法》第三条第三款“村民委员会可以根据村民居住状况、集体土地所有权关系等分设若干村民小组”的规定，《意见》第四条明确，确定农村集体土地所有权主体遵循“主体平等”和“村民自治”的原则，按照乡(镇)、村和村民小组农民集体三类所有权主体，将农村集体土地所有权确认到每个具有所有权的农民集体，也就是“是谁的就发给谁”。属于村一级农民集体所有的，就确权发证给村一级农民集体;属于村民小组集体所有的土地，应当确权登记发证给村民小组一级农民集体;属于乡(镇)农民集体的，就应当确权登记发证给乡(镇)一级的农民集体。
对于第二个原则，这是党中央国务院赋予国土资源管理部门的光荣使命，不能打折扣。但在《意见》起草过程中，许多方面提出建议，应当将集体土地所有权确权登记到村农民集体，主要理由有：一是一次土地详查和二次土地调查中的集体土地调查只到村一级，没有细化到小组，不能满足登记到村民小组的需要。二是村民小组组织机构不健全，不能满足登记发证的主体需要。三是发证到村民小组的工作量、工作经费和工作时间都远大于第二次全国土地调查，将无法完成中央部署的工作任务;四是发证到村民小组将引发大量潜在土地纠纷，影响农村社会稳定等等。但如此规定，这种“一刀切”的政策违背了上述第一条基本原则，与法律政策不符。同时，考虑到历史原因、村民小组机构不健全等现实情况，《意见》规定以2010年中央1号文件“把全国范围内的农村集体土地所有权证确认到每个具有所有权的集体经济组织”为基本要求，同时允许对于村民小组组织机构不健全的，可以由村民委员会代为申请登记、保管土地权利证书。应该说，两个原则实现了较好的统筹。
在明确两个基本原则后，究竟如何确定集体土地所有权的归属，其主要标准是什么?对此，在国土资源部2001年《关于依法加快集体土地所有权登记发证工作的通知》(国土资发〔2001〕359号)文件中有明确规定“凡是土地家庭联产承包中未打破村民小组(原生产队)界线，不论是以村的名义还是以组的名义与农户签订承包合同，土地应确认给村民小组农民集体所有……对于已经打破了村民小组农民集体土地界线的地区，应本着尊重历史，承认现实的原则，对这部分土地承认现状，明确由村农民集体所有”，这一规定 是将土地承包经营权发包时是否打破村民小组的权属界限作为标准。2007年《物权法》颁布实施后，随着农村经济社会快速发展，再将土地承包经营权发包时是否打破村民小组的权属界限作为标准来确定集体土地所有权归属存在明显问题：一是根据《物权法》的规定，土地承包经营权是以集体土地所有权为基础和前提而设立的一种用益物权，所有权不明晰，用益物权不能设立，不可能根据用益物权设立情况来确定所有权，这是本末倒置。而且根据《农村土地承包法》第十二条的规定，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会发包;已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组发包，这一规定明确应当根据集体土地所有权归属情况来确定发包主体。二是《农村土地承包法》还规定，村集体经济组织或者村民委员会发包的，不得改变村内各集体经济组织农民集体所有的土地的所有权，也就是说可能存在村民小组的土地由村农民集体发包。三是土地承包部分存在短期调整的可能。因此，确定集体土地所有权属于哪一级农民集体所有，其标准主要是看对应的土地权属界线是否存在。对此《意见》明确：凡是村民小组(原生产队)土地权属界线存在的，土地应确认给村民小组农民集体所有，发证到村民小组农民集体;对于村民小组(原生产队)土地权属界线不存在、并得到绝大多数村民认可的，应本着尊重历史、承认现实的原则，对这部分土地承认现状，明确由村农民集体所有。
综上所述，根据《意见》的规定，对于A乡镇集体以及下辖村、村民小组集体土地所有权进行确权登记发证如下：A乡镇集体土地确权登记给A乡镇农民集体;乙村集体土地确权登记给乙村农民集体;乙村1、2村民小组的集体土地分别确权登记给乙村1、2村民小组农民集体;甲村农民集体土地确权登记给甲村农民集体;甲村1、2村民小组集体土地经大多数村民认可后，确权登记给甲村农民集体;甲村3村民小组的土地确权登记给甲村3村民小组农民集体。