一、细化法律规定，以贴近农村实际，体现以人为本。
《土地管理法》第77条第1款规定：“农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。”立法者仅从行政管理的角度，对农村村民非法占用土地建住宅如何实施行政处罚作了规定，但并未考虑到村民建造的住宅是否符合当地的土地利用总体规划，占用的土地类型是耕地还是建设用地，而一律规定限期拆除。如此一刀切的规定，没有从农村宅基地管理的实际情况出发，一旦移交到法院，也不利于法院的强制执行。不妨参照《土地管理法》第76条的规定进行修改，对村民的违法建房，符合土地利用总体规划的，可以先采取没收措施，再允许村民回购，这样既能解决村民的住房需求，还能避免司法强制执行中出现的不利后果。
二、对如何没收及处置违法建筑物作出详细规定，便于执法部门的实践操作 。
《土地管理法》第73条和第76条规定，对于在非法转让、非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，符合土地利用总体规划的予以没收。但是至于如何没收，没收以后如何处置，是拆除还是再利用，应当移交给哪个部门保管，建筑物被没收后，该建筑物所占用的集体土地应当如何处置等，《土地管理法》及其实施条例都没有作出详细规定。违法建筑物一旦被没收，就属于国家所有，但是其占用的土地所有权性质并不因建筑物的没收而改变，仍然属于集体所有，房地权属不一，直接影响国土资源管理部门对违法建筑物没收后的进一步处置。对此，法律应当作出明确、详细的规定，以方便执法部门的实践操作。
另外，对于部分符合土地利用总体规划，部分不符合土地利用总体规划的违法建筑物，国土资源管理部门依法处罚时应当部分予以没收，部分予以拆除。此种情况下，如果当事人不愿意自行拆除违法建筑物，实践中应当如何执行，法律亦应当有明确说法。
三、借鉴《城乡规划法》，强化县级以上人民政府对违法建筑物的拆除责任。
《城乡规划法》第68条规定：“城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。”本条规定赋予县级以上地方人民政府对所辖区域内违法建筑物的拆除责任，规划主管部门不必再将违反城乡规划法需要强制拆除的案件移送法院申请强制执行，既减轻了法院的执行负担，又较好地解决了违法建筑物的拆除问题，确保案件能够得以执行。
根据现行的《土地管理法》，国土资源管理部门作出的限期拆除违法建筑物的行政处罚决定，由于法律没有赋予其强制执行权，对于当事人拒不履行的，只能移送不动产所在地人民法院申请强制执行。但法院同样面临着一系列的执行困难，导致土地违法案件执行率极低，对成片建设的、具有一定规模的工业厂房尤其如此。因此，有必要借鉴《城乡规划法》第68条之立法规定，赋予县级以上地方人民政府对违法建筑物进行强制拆除的权力。
四、加大对“以租代征”中出租方的惩处力度，必要时增设刑事责任条款。
法律对 “以租代征”行为的惩治手段比较软弱，《土地管理法》第81条仅规定了“擅自将农民集体所有的土地的使用权出让、转让或者出租用于非农业建设的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款”。惩治力度的不足，导致更多“以租代征”的发生。因此，建议加大对非法出租集体土地的惩治力度，必要时增设刑事责任条款。