第三十八条 土地承包经营权采取互换、转让方式流转，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
【释义】 本条是关于流转土地承包经营权进行登记的规定。
对土地承包经营权的流转进行登记，指流转土地承包经营权的当事人，申请国家有关登记部门将土地承包经营权互换、转让的事项记载于不动产登记簿上。登记的主要目的在于将土地承包经营权变动的事实予以公示，使他人明确土地承包经营权的权利人。
登记制度是不动产物权制度的基石，具有极其重要的意义，但各国立法对于不动产登记有不同的态度：一是采登记生效主义，即不动产物权的设立、变动不登记不生效；一是采登记对抗主义，即不登记不得对抗善意第三人。本条对于土地承包经营权的流转采用登记对抗主义，也就是说，当事人签订土地承包经营权的互换、转让合同，并经发包方备案或者同意后，该合同即发生法律效力，不强制当事人登记。这样规定，一方面是从中国农村的实际出发：首先，农民承包的是本集体经济组织所有的土地，承包方案又是经村民会议通过的，聚集而居的农户对于自己和本集体经济组织的其他农户的承包地的情况应当是清楚的，实际上已经起到公示作用；其次，调查结果表明，目前农户转让土地承包经营权的情况比较少，特别是向本集体经济组织之外的单位和个人转让的情况更少；再次，变更土地承包经营权登记要履行一定的法律程序，并交纳相应的费用，可能会增加农民的负担。另一方面，考虑到在某些情况下，土地承包经营权互换、转让后，如果并未将变动的事实通过登记的方式予以公示，他人比较难以了解到土地承包经营权发生了变动，会由此受到损害。因此，本法将登记的决定权交给农民，当事人要求登记的，可以登记。未经登记，不能对抗善意第三人。也就是说，不登记将产生不利于土地承包经营权受让人的法律后果。比如承包户A将某块土地的承包经营权转让给B，但没有办理变更登记。之后，A又将同一块地的承包经营权转让给C，同时办理了变更登记。如果B与C就该块土地的承包经营权发生纠纷，由于C取得土地承包经营权进行了登记，他的权利将受到保护。B将不能取得该地块的土地承包经营权。因此，土地承包经营权的受让人为更好地维护自己的权益，要求办理土地使用权的流转登记比较可靠。
根据本条规定，对土地承包经营权采取互换、转让方式流转，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请登记。本法第23条规定：“县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。”可见，对土地使用权流转进行登记的机关与核发土地使用权证书的机关是同一的。申请进行土地使用权流转登记，应当提交土地变更登记申请书及相关资料，内容包括：转让人与受让人的姓名、住所，土地坐落、面积、用途，土地承包合同、土地使用权转让或者互换合同、土地承包经营权证书，以及登记部门要求提供的其他文件。登记部门收到土地使用权变更登记的申请及上述文件后，经调查、审核，符合变更登记规定的，报人民政府批准后，变更注册登记，更换或者更改土地承包经营权证书。
本法第32条明确规定了土地承包经营权流转的四种主要方式，即转包、出租、互换、转让，但本条规定的流转登记只列明了互换与转让两种形式。之所以如此，是因为互换与转让，是将土地承包经营权换由或者转给他人行使，承包经营权的主体发生了变更；而转包和出租，原有的承包方与发包方的承包关系不变，承包方仍享有原来的承包经营权。由于登记的主要目的是向社会公示权利主体的变化，以保护善意第三人，而转包和出租不发生权利主体的更迭，因此没有规定对转包和出租的登记。