《中华人民共和国土地管理法》、《基本农田保护条例》和国土资源部制定的有关规章对基本农田保护制度作了规定。这些制度概括起来主要有以下几个方面：
基本农田保护规划制度 各级人民政府在编制土地利用总体规划时，应将基本农田保护作为规划的一项重要内容，明确基本农田保护的布局安排、数量指标和质量要求。
基本农田保护区制度 县级和乡（镇）土地利用总体规划应当确定基本农田保护区。保护区以乡（镇）为单位划区定界，由县级人民政府设立保护标志，予以公告。
占用基本农田审批制度 基本农田保护区经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用。国家能源、交通、水利、军事等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区，需要占用基本农田，必须报国务院批准。
基本农田占补平衡制度 建设占用多少基本农田，就必须补划数量相等、质量相当的耕地，确保本行政区域内土地利用总体规划确定的基本农田面积不减少。
禁止破坏和闲置、荒芜基本农田制度 禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动；禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田；禁止任何单位和个人擅自占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
基本农田保护责任制度 县级以上地方各级人民政府都要承担基本农田保护的责任。要通过层层签订基本农田保护责任书，将基本农田保护的责任落实到人、落实到地块，并作为考核政府领导干部政绩的重要内容。
基本农田监督检查制度 县级以上地方人民政府应定期组织土地、农业及其他有关部门对基本农田保护情况进行检查，发现问题及时处理或向上级人民政府报告。
基本农田地力建设和环境保护制度 地方各级人民政府农业行政主管部门和基本农田承包经营者，要采取措施，培肥地力，防止基本农田污染。