征地住房拆迁主管部门和拆迁主体“政出多门”，存在补偿标准利益相差悬殊等问题
完善征收集体土地审批方式并以立法解释途径完善配套制度，解决好被征地农民住房问题
《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》在强调解决好被征地农民就业、社会保障问题的同时，首次提出要解决好被征地农民住房问题。保护被征地农民住房权益、逐步完善征地住房拆迁补偿配套制度已成为土地制度改革紧迫而重要的工作之一。
我国现行法律、行政法规对征收集体土地涉及的房屋拆迁补偿制度内容没有明确规定。《土地管理法》及《土地管理法实施条例》仅仅规定征收集体土地，对地上附着物进行补偿，但对地上附着物是否包括被征地农民的住房没有明确。《物权法》第四十二条第二款规定：“征收集体所有的土地，应当足额支付土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等费用，安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。”第三款同时规定：“征收单位、个人的房屋及其他不动产，应当给予拆迁补偿，维护被征收人的合法权益；征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。”但对征收集体土地涉及的农民住房拆迁补偿应当适用第四十二条第二款,还是同时适用第二、第三两款不明确，致使实践中出现征收集体土地住房拆迁无法适用或适用法律混乱现象。
首先，目前征地住房拆迁主管部门和拆迁主体存在着“政出多门”的现象，对拆迁行为特别是对拆迁人、评估机构的拆迁评估行为等缺乏有效的监督和管理措施。其次，在征地住房拆迁补偿标准、安置方式、拆迁补偿安置程序，以及对评估重置价及评估方式和被拆迁房屋性质、权属、用途等方面缺乏统一规范，存在补偿标准利益相差悬殊问题。再其次,有些地方批准征收集体土地后，直接参照适用城市房屋拆迁管理规定的程序进行拆迁补偿，引发法律适用方面的争议。最后，对被征地农民安置用房缺乏统一规划，出现被拆迁农户住房一而再、再而三地被拆迁现象，有的在没有解决安置住房用地的情况下，先行实施拆迁，造成一些被拆迁农户一年甚至几年得不到安置住房现象。第五，对征地住房拆迁补偿安置争议，地方政府往往缺乏有效的实施手段，导致被拆迁农民无法得到有效安置，建设项目无法得到有效实施，出现当事人上访、诉讼，甚至引发群体性事件等。征地住房拆迁补偿安置问题，已成为社会各界广泛关注的焦点。
笔者认为，完善征地住房拆迁补偿安置配套制度可通过以下三种途径：
立法完善配套制度。由国务院制定“征收集体土地房屋拆迁管理条例”,从立法层面与《城市房屋拆迁管理条例》相匹配。第一，明确征地住房拆迁管理主体和责任主体，规定被征土地所在地的市、县人民政府应当是征地拆迁的管理机关。第二，明确拆迁人主体，规定土地征收方案经批准公告后，单独选址项目建设单位、统一征地事务机构、土地收储机构、乡镇人民政府、村民委员会（村级集体经济组织）或其他经地方人民政府委托的单位可以作为征收集体土地房屋拆迁具体工作的实施主体。第三，明确征地拆迁安置方式，规定集体土地住房拆迁安置可以迁建安置、公寓式（产权）安置和货币安置等多种方式。第四，明确征地住房拆迁补偿标准，授权市、县人民政府根据当地实际，制定征收集体土地住房拆迁补偿的具体标准、评估办法等。第五，明确征地住房拆迁补偿安置程序，征地范围划定后，由市、县人民政府发布通告，由集体土地住房拆迁主管部门组织进行被拆迁住房的调查登记和确认工作；集体土地住房拆迁主管部门拟订拆迁补偿安置方案并组织听证；征地方案批准后，符合条件的申请人，申请领取拆迁许可证；拆迁人与被拆迁人签订住房拆迁补偿安置协议；实施住房拆迁，被征地农民得到补偿和住房安置。第六，明确征地住房拆迁补偿安置争议调处方式，规定拆迁补偿安置争议可以通过协调、仲裁、行政裁决、诉讼等法律救济机制，确保拆迁当事人（拆迁人和被征地农民）的合法权益。
修改完善《建设用地审查报批管理办法》。明确国务院、省级人民政府批准征收集体土地时，涉及被征收集体土地上的被征地农民的住房同时批准征收。在征地审批上报征收土地方案中，需要包括有关被征收集体土地上的住房情况（户数、建筑面积）及被拆迁住房补偿安置方式等内容,明确征地住房拆迁补偿安置程序。
完善征收集体土地审批方式并以立法解释途径完善配套制度。在原有建设用地审批方式基本不变情形下，通过全国人大或国务院对《物权法》、《土地管理法》等作出立法解释，明确有关《物权法》、《土地管理法》等规定的被征收集体土地地上附着物的补偿费等内容不包括被
征收土地上农民的住房。同时，明确由市、县人民政府根据国务院、省级人民政府征收集体土地的批准文件，直接批准征收被征集体土地上农民的住房并给予补偿安置的决定，并明确征地住房拆迁补偿安置程序。
以上三种途径中，通过完善征收集体土地审批方式并以立法解释完善配套制度的途径较为便捷、可行，可以将工作职权、责任、重心下移，有利于强化市、县人民政府在征地住房拆迁补偿安置方面的调控权，解决好被征地农民住房问题。