三农问题之所以解决不了，一个关键的原因就是农民的权益仍然没有得到充分额的保障
中国社会学会会长陆学艺教授在中国社会科学院农发所举办的“中国农村发展论坛”发言指出，计划经济时代的思路完全是放在农业问题上的，只要粮食供给没有问题，农业问题就被抛在一边。近几年理论界主要关心的焦点从农民负担转到农民权益上来具有必然性，“三农”问题之所以解决不了，一个关键的原因就是农民的权益仍然没有得到充分的保障。这是一个高度的概括。
2003年8月至2004年6月，中国社会科学院农村发展研究所国家社科基金课题组和国家软科学重大项目课题组，联合对当前我国农民的土地维权抗争进行了专题调研，通过对中央某媒体观众电话声讯长达半年的记录，研究者发现，在6万次(条)的信息中，“三农”问题居于首位，而其中所涉土地纠纷又为“三农”之首。曾经长期成为农村最大问题的费税矛盾则退居其后，仅占反映问题的1.9%。中央某媒体的两万封观众来信、720名进京上访农民问卷调查、国土资源部等国家各大部委的专项调研数据。课题组同时收集了2004年以来130多起农村群体性突发事件，结果表明，其中87起是因土地引发的冲突。2004年上半年，全国共发现土地违法行为4.69万件，土地案例正在各省市反复上升。
经过严密分析，课题主持者于建嵘断言：自2002年后，“土地纠纷”已经上升成为农民维权的最大焦点问题。课题组认为，“农村土地纠纷已取代税费争议而成为目前农民维权抗争活动的焦点，是当前影响农村社会稳定和发展的首要问题。”
对从税费争议到土地纠纷
事实上，从税费争议到土地维权是有着根本的原因。众所周知的是，实行土地承包后的农村处于发展的“黄金时期”，土地平均分配，而且打破原体制障碍后所提高的产出足可以承受原来的税费负担，因此税费争议和土地维权问题很少出现，直至政府财税体制改革及政绩考核制度转变后出现变化。
从1985年起国家实行“划分税种，核定收支、分级包干”的财政管理体制；1988颁布《关于地方实行财政包干办法的决定》，1992年以后实行“切块包干、分灶吃饭”的财政体制，基层政府及其各部门从国家利益体系中分化出地方和部门利益。正如于建嵘教授所说，“由于体制改革的滞后性，各级政府机构臃肿，招聘和临时编制人员过多，行政经费入不敷出，所以当县乡政府的财政收入处于巨大压力时候，向农民摊派加重农民负担就成为必然”。
到1994年的分税制改革实施之后的当年，中央与地方的财政收支状况就开始发生较大的变化，中央的财政收入占总收入达到55.7%，比1978年增加40个百分点，但中央财政支出只占财政总支出的比例和以往对比变化不大，仅为30.3%。再之后的1995年到2004年连续十年的中央财政收入平均占国家财政总收入的52%，但财政支出平均只占国家财政总支出的29.8%。而地方的财政收入占国家财政总收入平均为48%，但财政支出却占国家财政总支出平均为70.2%。整个数字前后变化对比呈反向剪刀状。
中央也不断有具体的规划和指标下达（如教育达标等），到省一级再层层向下分解，通常是向下各级政府掌握的财源越少，负担也就越重，形成各级地方政府间事权层层下放，而财权却层层上收。据国务院发展研究中心调查，在农村的义务教育经费中央只负担2%，省地两级负担11%，县级负担9%，78%的经费要由乡镇这一级来负担， 最后实际上就是由占大多数的农民负担。这就是所谓的“财权上移、事权下移”和中央“请客”、地方“埋单”之说，必然加大农民的税费负担，导致税费争议成为突出问题。
分税制实施后，地方政府在原来财政包干体制下的约束与激励机制必然转向另一种的约束激励机制，即如何在分税制后财政收入急剧减少的状况下完成政绩考核指标，并且一直以来是“以经济建设为中心”，更强化追求当地的经济增长来达到增加财政收入的动机。
地方政府扩大财源途径之一是增值税25%分享部分，以及完全由中央政府承担的出口退税（2004年起略有变动），激发地方政府加大招商引资（特别是外资）、加大投资上项目，以加速经济发展、片面追求GDP增长以增加财政收入的冲动。途径之二是扩大地方可独享的收入来源，如城镇土地使用税、房产税、耕地占用税、土地增值税、国有土地有偿使用收入等，这些大部分与土地有关，加上一系列法律法规及政策所设计容许低价征用、高价转让的“征地、补偿、批租”制度，导致在连续的工业化城市化和“经营城市”的口号下，各地将手伸向最易获得资金来源的土地，滥以“国家为公共利益的需要”为名，大量征用农村土地进行城市建设和开发区建设，不断扩张城市规模，发展城市建筑业和房地产业，以土地生财，一些地方政府的土地收入占财政收入的70%，从此可见一斑。也是导致众多的农民的土地权益受损、对土地问题持续的纷争、冲突、上访，引发社会的不稳定的重要原因之一。
因此，农民维权从税费争议到土地维权牵涉到现有财税体制、政绩考核制度、土地法律法规等一系列问题。
土地维权的两重性及其他问题
对于农民的土地维权，在全国整体范围内存在两重性，一是对外维权、二是对内维权。对外的是牵涉到政府征用农民土地使农民的利益受损、遭受农民的抗争，以及农村集体土地、厂房（包括商铺）出租的合法性问题，维权的对象在农民集体外部，这在较发达（主要是东部及城郊）地区发生较多。对内的是农民集体内部土地承包的调整，如人员出生、死亡、婚嫁、迁出迁入产生承包土地的调整，土地承包经营权的变更问题，以及调整周期、集体留用地等等引发的纠纷，这在欠发达地区发生较多。
上述两种现象均属于农民土地权益维护的问题，是同一整体现象的不同表现，我们“不能以发达地区或城郊农村来替代一般意义上的中国农村”，也不能只重视“一般意义上的中国农村”。较发达地区的农民所面临的土地维权问题，在中西部地区的城市化过程中同样会发生。例如失地农民主要在发达地区为主，为失地农民建立社会保障以成为维护权益的主要内容，并由此延伸到如何为全国农民建立统一的社会保障的讨论及研究。因此，应该将关注农民土地权益维权作整体来对待，其牵涉到的是全国的农民利益。
农民权益保护显然不止是土地上的权益，还包括如户籍歧视、就业歧视和社会保障等，还有被大多数研究人员所忽视的农民承担粮食安全压力问题。
一直以来，为了国家的粮食安全和“经济发展和社会稳定的全局”，粮价被调控在“合理”的范围内，实际上就是通过价格管制压抑粮食价格，或粮食丰收后没有足够的手段保证农民的收入。农民在种粮无利可图的情况下仍需保证粮食播种面积，相当多农民耕种没有多大的收益或负收益，就将耕地丢荒另某出路。在发达地区耕地非农用途可以比种粮食产出（收入）更大，但又不能作非农用途；在欠发达（边远）地区耕地抛荒却仍然要交那些税费，甚至有地方法规规定，“造成承包耕地抛荒的，应依‘法’缴纳荒芜费…”。对农民收取荒芜费，目的还是要农民继续耕种来维持粮食安全。但农民在保障“粮食安全”的付出、承担“粮食安全”的压力谁作补偿？虽然现在免农业税和实行粮食“直补”，但平均每亩20-30元根本抵不上农资的涨价。因此，“粮食安全”主要是由全国农民特别是产粮区农民来承担，农民仍在为国家承担“粮食安全”的压力，是农民权益受损的另一方面。
归根结底，农民权益受损均牵涉到土地制度和公民待遇这些核心问题，是我们所不能回避的。
给农民平等的权利
农民的维权及抗争的过程已经在对现有制度作出挑战，并在这过程体验中有所觉醒，并出现合理的经济和政治诉求，也反映出现有体制上存在的问题，这些，应视为一种进步并积极地对待。
有关农民维权的研究无论各种观点如何，所不可否认的是：农村的贫困，归根结底是农民权利的贫困；农民权利的贫困，必然使农民丧失了许多平等的政治权利和机会，导致制度的设计及执行不能完全地表达和维护农民的利益。说到底，反映的还是农民的权利问题。
对于整个社会来说，那里的公民平等的权利得不到体现，那里就必然出现问题——“三农”问题亦然！